Le prime notizie che si hanno di Palazzo Pretorio risalgono al 1164, anno in cui, in un diploma di Federico I Barbarossa, viene nominato per la prima volta come antica dimora dei Conti Alberti, nobile famiglia che possedeva numerosi feudi lungo il corso dell’Arno, nella Valdelsa e nella Val di Pesa.
Tra la fine del XIII e l’inizio del XIV secolo, Certaldo passa definitivamente sotto l’influenza di Firenze e il Palazzo viene confiscato ai Conti Alberti: da castello feudale diviene edificio pubblico.
Già dal 1415 (data ricavata da uno dei numerosi stemmi presenti) a Certaldo risiede un Vicario, ovvero un magistrato fiorentino con il compito di amministrare la giustizia in Valdelsa e in Val Di Pesa, assoggettando a sua volta le piccole podesterie ivi presenti. Ha inizio così il periodo di massimo splendore per Certaldo, il Vicariato.
Nel corso del XVIII secolo il territorio del Vicariato di Certaldo viene via via ridotto fino alla definitiva soppressione nel 1784. Dopo questa data il palazzo viene prima svuotato di tutti gli arredi e le suppellettili, poi venduto per ricavarne private abitazioni (ben 15 di 2 o 3 stanze ciascuno). Lo scempio si interrompe alla fine nel 1890 quando la comunità di Certaldo riacquista il palazzo, iniziando i lavori di restauro e di riqualificazione dell’intero immobile.
Nell’antica Chiesa adiacente al palazzo, oggi sconsacrata, si conservano affreschi e sinopie del XV e XVI sec., oltre all’importantissimo Tabernacolo dei Giustiziati (1464-65 ca.), attribuito a Benozzo Gozzoli. Il Tabernacolo era originariamente collocato sulle sponde del fiume Agliena poiché lì i condannati a morte, prima dell’esecuzione, venivano portati per un’ultima preghiera; per motivi di conservazione gli affreschi sono stati staccati e portati nella Chiesa, mentre tutt’oggi è visibile ancora l’originale struttura del Tabernacolo nei pressi del ponte lungo il torrente Agliena, nella parte bassa del paese.
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